Gli archivi privati conservati dalle stesse famiglie che li produssero o dai loro eredi ancora presenti a Pisa e nel territorio circostante sono ancora piuttosto numerosi. 

Il compito della loro tutela e valorizzazione spetta alla Soprintendenza Archivisitica che, sin a partire dal secondo dopoguerra, ha introdotto alcuni vincoli di tutela. Tra i vincoli più risalenti spiccano quelli degli archivi Ruschi (1946) e Agostini della Seta (1949) - due dei principali archivi privati. Quest'ultimo, con oltre 660 pergamene e 900 unità documentarie, si caratterizza per essere un vero e proprio complesso archivistico; al proprio interno conserva infatti le carte Agostini, Della Seta, Venerosi, Vitali del Carretta, Lanfranchi (un altro dei molti rami della famiglia presenti in città) e Bocca.

Fanno parte di questo primo gruppo di archivi tuttora sottoposti alla tutela dello Stato gli archivi Gherardi del Testa, Mayer, Studiati Berni, Tobler e Vaccà Berlinghieri.